次亜塩素酸水はほとんど全ての細菌、ウイルスに除菌効果があり、有効塩素濃度５０ｐｐｍので芽胞菌を除き１分以内で除菌されます。(芽胞菌でも２分以内に除菌されます)また、次亜塩素酸水は高温で除菌力が増すことが判っており、40℃では20℃のほぼ6倍に増します。芽胞菌でも１分以内に除菌されます。
食中毒
| サルモネラ菌 | 時期問わず（夏季に多い） | | |
| 次亜塩素酸水溶液 | アルコール80℃ | 逆性石鹸 | 植物由来 |
| 〇 | 〇 | 完全除菌は不可 | 完全除菌は不可 |
| 腸管出血性大腸菌（O-157) | 時期問わず（夏季に多い） | | |
| 次亜塩素酸水溶液 | アルコール80℃ | 逆性石鹸 | 植物由来 |
| 〇 | 〇 | 完全除菌は不可 | × |
| 腸炎ビブリオ | 夏季に集中発生 | | |
| 次亜塩素酸水溶液 | アルコール80℃ | 逆性石鹸 | 植物抽出 |
| 〇 | 〇 | 完全除菌は不可 | × |
| 黄色ブドウ球菌 | 時期問わず（夏季に多い） | | |
| 次亜塩素酸水溶液 | アルコール80℃ | 逆性石鹸 | 植物抽出 |
| ✔ | ✔ | 完全除菌は不可 | ✔ |
| ボツリヌス菌（芽胞菌） | 時期問わず | | |
| 次亜塩素酸水溶液 | アルコール80℃ | 逆性石鹸 | 植物抽出 |
| ✔ | × | × | × |
| カンピロバクター | 時期問わず（夏季に多い） | | |
| 次亜塩素酸水溶液 | アルコール80℃ | 逆性石鹸 | 植物抽出 |
| 〇 | 完全除菌不可 | 完全除菌不可 | × |
| ウエルシュ菌（芽胞菌） | 時期問わず | | |
| 次亜塩素酸水溶液 | アルコール80℃ | 逆性石鹸 | 植物抽出 |
| 〇 | × | × | × |
| セレウス菌 | 時期問わず（夏季に多い） | | |
| 次亜塩素酸水溶液 | アルコール80℃ | 逆性石鹸 | 植物抽出 |
| 〇 | × | × | × |
| ノロウィルス（小型ウィルス） | 時期問わず（冬季に多い） | | |
| 次亜塩素酸水溶液 | アルコール80℃ | 逆性石鹸 | 植物抽出 |
| 〇 | × | × | × |
| ロタウィルス | 時期問わず（冬季に多い） | | |
| 次亜塩素酸水溶液 | アルコール80℃ | 逆性石鹸 | 植物抽出 |
| 〇 | 完全除菌は不可 | 完全除菌は不可 | × |
| アデノウィルス | 夏季 | | |
| 次亜塩素酸水溶液 | アルコール80℃ | 逆性石鹸 | 植物抽出 |
| 〇 | 〇 | 完全除菌は不可 | × |
| 腸管熱 | 時期問わず | | |
| 次亜塩素酸水溶液 | アルコール80℃ | 逆性石鹸 | 植物抽出 |
| 〇 | 〇 | 完全除菌は不可 | × |
| レンサ球菌 | 秋から冬場 | | |
| 次亜塩素酸水溶液 | アルコール80℃ | 逆性石鹸 | 植物抽出 |
| 〇 | 完全除菌は不可 | 完全除菌は不可 | × |
| 季節性インフルエンザ | 秋から春(冬場がピーク) | | |
| 次亜塩素酸水溶液 | アルコール80℃ | 逆性石鹸 | 植物抽出 |
| 〇 | × | × | × |
| 新型インフルエンザ | 時期問わず | | |
| 次亜塩素酸水溶液 | アルコール80℃ | 逆性石鹸 | 植物抽出 |
| 〇 | × | × | × |
| MRSA（院内感染） | 時期問わず | | |
| 次亜塩素酸水溶液 | アルコール80℃ | 逆性石鹸 | 植物抽出 |
| 〇 | 完全除菌は不可 | 完全除菌は不可 | 完全除菌は不可 |
| レジオネラ菌（肺炎） | 時期問わず | | |
| 次亜塩素酸水溶液 | アルコール80℃ | 逆性石鹸 | 植物抽出 |
| 〇 | 完全除菌は不可 | × | × |
| マイコプラズマ肺炎・トリコスポロン肺炎 | 夏季 | | |
| 次亜塩素酸水溶液 | アルコール80℃ | 逆性石鹸 | 植物抽出 |
| 〇 | 完全除菌は不可 | 完全除菌は不可 | × |
| 手足口病 | 時期問わず | | |
| 次亜塩素酸水溶液 | アルコール80℃ | 逆性石鹸 | 植物抽出 |
| 〇 | 完全除菌は不可 | × | × |
| SARS | 秋から春（冬場ピーク） | | |
| 次亜塩素酸水溶液 | アルコール80℃ | 逆性石鹸 | 植物抽出 |
| 〇 | 完全除菌は不可 | 完全除菌は不可 | × |
| 緑膿菌 | 時期問わず | | |
| 次亜塩素酸水溶液 | アルコール80℃ | 逆性石鹸 | 植物抽出 |
| 〇 | 完全除菌は不可 | 完全除菌は不可 | 完全除菌は不可 |
| 白癬菌 | 夏季 | | |
| 次亜塩素酸水溶液 | アルコール80℃ | 逆性石鹸 | 植物抽出 |
| 〇 | 完全除菌は不可 | 完全除菌は不可 | × |
| カンジダ菌 | 夏季 | | |
| 次亜塩素酸水溶液 | アルコール80℃ | 逆性石鹸 | 植物抽出 |
| 〇 | 〇 | 〇 | × |
| 黒コウジカビ | 夏季 | | |
| 次亜塩素酸水溶液 | アルコール80℃ | 逆性石鹸 | 植物抽出 |
| 〇 | 完全除菌は不可 | 完全除菌は不可 | 〇 |
| ヘルペスウイルス | 時期問わず | | |
| 次亜塩素酸水溶液 | アルコール80℃ | 逆性石鹸 | 植物抽出 |
| 〇 | 完全除菌は不可 | × | × |
